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微液滴數(shù)字PCR平臺
獨特的產(chǎn)品優(yōu)勢
1加樣體積可調(diào) 加樣體積在20-50μL內(nèi)可調(diào),更多加樣量,意味著更高靈敏度
2樣品數(shù)量靈活 每張芯片可處理1 -8個樣本,靈活可調(diào),節(jié)省試劑耗材
3微滴數(shù)多 30μL樣本可制備約5萬個均一穩(wěn)定的納升級液滴,線性范圍廣,為0-30萬拷貝/樣本。
4微滴無需轉(zhuǎn)移 全封閉體系,操作簡單,微滴生成后無需轉(zhuǎn)移,減少微滴損失
5封閉檢測 檢測時機器封閉運行,確保PCR產(chǎn)物不暴露在空氣中,防止氣溶膠污染和樣本損失,預(yù)防假陽性
6單獨加樣 每個樣本獨立加樣控制,避免樣本間交叉污染
7信噪比高 相比成像方法,基于PMT進行信號檢測,容易判讀,結(jié)果準(zhǔn)確
檢測流程
液滴制備(5分鐘)+ PCR擴增(1.5小時)+ 檢測分析(25分鐘)= 2小時
數(shù)字PCR十大應(yīng)用
1基因表達差異研究
數(shù)字PCR可以提供比實時熒光定量PCR更精確的基因差異表達研究,尤其對于那些靶基因表達差異微小的情況,如:mRNA、microRNA、 IncRNAs等的表達分析;等位基因的不平衡表達;單細胞基因表達分析;外泌體核酸分子定量分析等
2低豐度DNA模板分子的精確定量
由于絕大部分微液滴中只含單個或不含模板分子,使得低豐度DNA模板分子的擴增不受高豐度模板分子擴增的競爭抑制,與此同時,樣本中可能存在的抑制劑也在分配到微液滴的過程中進行了相對稀釋,作用于單個微液滴內(nèi)模板擴增的抑制劑數(shù)量大幅降低,從而提高PCR擴增對抑制劑的耐受程度,因此可應(yīng)用于諸多臨樣本(如血液、尿液、糞便、痰液、胸腹水、 腦脊液等)中痕量核酸標(biāo)記物的檢測。一般而言, 定量PCR的檢測靈敏度約在1%, NGS的靈敏度可達到1%,而數(shù)字ECR的檢測下限可輕松實現(xiàn)0.01%
3拷貝數(shù)變異(CNV)研究
數(shù)字PCR直接讀取陽性信號,通過泊松分布校正得到目標(biāo)基因的絕對拷貝數(shù),為拷貝數(shù)變異的研究提供了絕對的檢測精度。采用數(shù)字PCR能夠有效對二代測序(NGS)和微陣列比較基因組雜交(aCGH)等實驗結(jié)果進行驗證,并具有 檢測周期短、成本低、樣本通量高等特點
4甲基化含量鑒定
傳統(tǒng)的亞硫酸氫鹽處理后的克隆測序法、抗體檢測法、定量PCR檢測法等受限于方法學(xué)的問題,不能獲得甲基化程度的精確定量,而數(shù)字PCR 系統(tǒng)通過對樣本的微液滴處理及目標(biāo)分子的絕對拷貝數(shù)定量,為甲基化程度的精確定量檢測提供了一種可靠的技術(shù)
5二代測序輔助建庫
目前靶向測序建庫方法包括擴增子方法,在均相溶液中,當(dāng)擴增引物增加時,由于擴增引物之間的相互作用,從而影響擴增的效率;如果將其分散到大量微液滴中擴增,將可大大降低引物間相互作用,提高擴增效率。同時還可以實現(xiàn)對于少量模板的有效擴增,得到更多的有效測序數(shù)據(jù)
6 CRISPR-Cas9基因編輯結(jié)果驗證
CRISPR-Cas9技術(shù)的發(fā)明,是基因編輯技術(shù)的 一大突破,但如何驗證實驗是否成功,仍需要 高靈敏度的檢測方法,數(shù)字PCR技術(shù)可以滿足這一需求。Broad研究所張鋒團隊發(fā)明了以 CRISPR為基礎(chǔ)的SHERLOCK技術(shù)可以對核酸 進行高靈敏度的定性檢測,但精確定量評估時 仍采取了數(shù)字PCR進行確認
7無創(chuàng)產(chǎn)前篩查
唐氏綜合征、地中海貧血或胎兒遺傳性耳聾基因檢測等,目前無創(chuàng)檢測標(biāo)本來源主要為孕婦 血液,檢測胎兒DNA會受到母體DNA的干擾, 依靠數(shù)字PCR可提高檢測準(zhǔn)確性。對比NGS, 數(shù)字PCR技術(shù)可以提高工作效率、降低檢測成本
8微生物(病毒、細菌等)的檢測
疾病預(yù)防控制中心、出入境檢驗檢疫局系統(tǒng)的實驗室可以將基于TaqMan探針法的定量PCR體系無縫地轉(zhuǎn)移到數(shù)字PCR上,從而滿足該類實驗室對于檢測結(jié)果的要求:靈敏度更高、重復(fù)性更好、無需依賴標(biāo)準(zhǔn)曲線的絕對定量結(jié)果
9腫瘤治療的伴隨診斷
常用體液來源(如血液,胸腹水,唾液及尿液等) 的待檢標(biāo)本中的DNA,有正常脫落體細胞和病變脫落細胞兩種來源,前者的量遠大于后者。通過微液滴處理能在每個微液滴中有效減少正常體細胞DNA的干擾,實現(xiàn)腫瘤標(biāo)記物的有效檢測,如 EGFR, ALK, ROS1, KRAS、BRAF 等 基因的突變檢測、乳腺癌/胃癌的HER2基因擴增檢測等,應(yīng)用于腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的伴隨診斷
10移植排斥監(jiān)控
接受肝臟移植的患者,目前用于檢測器官排斥反應(yīng)的常規(guī)方法是監(jiān)測患者血液中的生化指標(biāo)異常,一般情況下超過50%的移植器官功能已經(jīng)喪失。新的研究表明通過對七例術(shù)后移植患 者的移植物游離DNA進行數(shù)字PCR檢測,更早發(fā)現(xiàn)了兩例發(fā)生排斥反應(yīng)的患者,取得了令人 滿意的結(jié)果
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微液滴數(shù)字PCR儀 TD-2